Karlstrup, Karlslunde og Engstrup Moser er opstået i et ganske unikt istidslandskab, hvor danskere fra stenalderen over middelalderen til nyere tid har levet i pagt med det særlige landskab.
Da ismasserne smeltede for 12-15.000 år siden, lå Danmark hen som tundralandskab som i nutidens nordligste Sibirien. Havene steg og trængte ind over lavtliggende områder som her ved Køge Bugt.
Dengang slog stenalderfolk sig blandt andet ned i området omkring moserne. Den lavvandede vig med øer og holme egnede sig godt til jagt og fiskeri. Arkæologer har fundet rester fra deres bopladser nær Karlslunde Mosevej (Sønderholm-bopladsen) og ved Engstrupstien nær motorvejen.
Havets stærke kræfter med bølger og strøm sled hårdt på klinterne ved Mosede og Stevns, og det nedbrudte materiale dannede gennem årene klitter og strandvolde langs bugten, der lukkede vigen af til en indsø. Klitterne og strandvoldene kaldtes ”Jærnen”, som på gammeldansk betyder ”landskabet med hårdt, fladt sand”.
Det sumpede område har også i middelalderen haft betydning som jagtområde, og der er skåret tagrør af siv, samt gravet tørv til brændsel. I nyere tid har kraftige østenstorme og ekstraordinært højvande i 1760 og 1872 lagt mosen helt under vand, ligesom den flere gange i 1900-tallet var plaget at store oversvømmelser.
I dag er mosens stier blevet hævet, bebyggelserne er inddæmmet af diger, og nye åløb er anlagt for at lede vandet ud til Køge Bugt.
Mosegrisene i Karlstrup, Karlslunde og Engstrup Moser bidrager til den historiske dokumentation for, at området tidligere var havbund. Deres skud indeholder nemlig ofte muslingeskaller, som rækker helt tilbage til stenalderen.